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Institut für Neurowissenschaften und Medizin

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Marcel Huysegoms

Marcel Huysegoms

Wissenschaftlicher Mitarbeiter, Arbeitsgruppe „Big Data Analytics“
Akademischer Abschluss: M.Sc. Technomathematik

Forschungsschwerpunkte

  • Anwendung von Deep Learning zur Identifikation mikrostruktureller Landmarken in hochaufgelösten Histologie-Bildern

    Diese Arbeit zielt darauf ab, angeschnittene Zellen in benachbarten Gewebebildern automatisch zu detektieren, als auch einander zuzuordnen. Im Besonderen werden siamesische Netzwerke hinsichtlich ihrer Anwendbarkeit untersucht. Die Herausforderung liegt darin begründet, dass sich nur ein Bruchteil der Zellen im histologischen Nachbarschnitt wiederfinden lässt und die Schnitte nicht-linearen Deformationen unterliegen. Auf Basis der extrahierten Informationen ist es anschließend möglich, die Bilddaten präzise zu einem digitalen, hochaufgelösten 3D-Modell des Gehirns zu rekonstruieren.

    bisected cellsAbbildung: Vergrößerte Darstellung einer Zelle, die in 2 benachbarten Gewebeschnitten enthalten und demnach zweigeteilt ist.

  • Entwicklung von skalierbaren HPC-Algorithmen zur vollen Ausnutzung der am Jülich Supercomputing Centre (JSC) vorhandenen Rechenressourcen. Der Fokus liegt auf verteiltem Rechnen und der Verwendung von GPU-Beschleunigern.
  • Stitching und Registrierung hochaufgelöster Histologie-Schnitte des Gehirns mittels linearen und nicht-linearen Transformationsmodellen.

Methodische Schwerpunkte

  • Digitale Bildverarbeitung
  • Machine Learning
  • High Performance Computing
  • Verarbeitung großer Datensätze

Adresse

Institut für Neurowissenschaften und Medizin (INM-1)
Forschungszentrum Jülich
52425 Jülich

Kontakt

Telefon: +49 2461 61-3678
E-Mail: m.huysegoms@fz-juelich.de

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