Navigation und Service

Ausschreibender Bereich: IBG-2 - Pflanzenwissenschaften
Kennziffer: 2018-315

test

Das Institut für Bio- und Geowissenschaften, Institutsbereich Pflanzenwissenschaften (IBG-2), entwickelt integrierte bioökonomische Konzepte zur nachhaltigen Intensivierung der Pflanzenproduktion. Ziel ist es, den Ertrag zu verbessern, die Qualität an verschiedene Nutzungsformen (Lebensmittel, Futtermittel, Rohstoffe, Bioenergie) anzupassen, Nährstoffkreisläufe zu schließen und die Prozesse an die zukünftigen Klima- und Produktionsbedingungen anzupassen. Das IBG-2 hat eine weltweit führende Position in der Pflanzenphänotypisierung, geprägt von den ausgezeichneten Kenntnissen in der Aufklärung der dynamischen Wechselwirkung zwischen Pflanze und Umwelt, kombiniert mit Technologieentwicklung, Ingenieurwissenschaften und Bioinformatik. In diesem Zusammenhang entwickelt und betreibt der Institutsbereich einschlägige Infrastrukturplattformen und Technologien der nächsten Generation und stellt sie externen Nutzern zur Verfügung (DPPN, EPPN2020, IPPN, EMPHASIS).
Infrastrukturplattformen für die Phänotypisierung von Pflanzen produzieren eine große Menge an Daten, die ein profundes Management erfordern, um sie für die wissenschaftliche Gemeinschaft auffindbar, zugänglich, interoperabel und wiederverwendbar zu machen. Im Rahmen der Projekte EPPN 2020, Emphasis und EOSC-Life arbeitet der Institutsbereich gemeinsam mit internationalen Partnern an einer europaweiten e-Infrastruktur und entwickelt zu diesem Zweck Strategien, Werkzeuge und Demonstratoren für das Datenmanagement.

Verstärken Sie diesen Bereich zum nächstmöglichen Zeitpunkt als

Wissenschaftlicher Mitarbeiter (w/m) Datenmanagement / Big Data / Bioinformatik

Ihre Aufgaben:

Die erklärten Ziele dieser Stelle sind (i) die Strukturierung und Standardisierung vorhandener Daten, um Interoperabilität zu ermöglichen; (ii) die Bereitstellung von Metadaten in Übereinstimmung mit den FAIR-Prinzipien; (iii) die Entwicklung von Software, die in der Lage ist, große wissenschaftliche Daten zu verwalten, sich an die sich entwickelnden Datenmodelle anzupassen und einen intuitiven und sinnvollen Zugriff in Form einer Standard-Anwendungsprogrammierschnittstelle (API) und einer graphischen Browser basierten Schnittstelle (GUI) zu ermöglichen. Drüber hinaus ist eine zentrale Aufgabe die Entwicklung und Definition der Datenmodelle, die in Ontologien zusammengefasst werden sollen. Mittels automatisierter Code-Generatoren sollen dann die oben genannte Standard-API und GUI für einen solchen Satz von Datenmodellen automatisch generiert werden. Die Speicherung von Daten muss in der Lage sein, verschiedene Technologien zu integrieren und muss eine Verteilung unterstützen.

Die Koordination und strategisch-wissenschaftliche Entwicklung von Software-Tools (Code-Generatoren) und Frameworks zur Generierung und Bereitstellung von Installationen großer, Daten integrierender Plattformen wird die Hauptaufgabe des/der Stelleninhabers/in sein, der dazu mit einer interdisziplinären Gruppe von Wissenschaftlern/innen, die sehr unterschiedliche Daten generieren oder für ihre Forschungsaktivitäten nutzen, interagieren muss. Wichtig ist die Kommunikation und vor allem der Informations- und Datenfluss zwischen verschiedenen Mitarbeitern/innen in diesen Vorhaben und weiteren Nutznießern in der europäischen Pflanzenphänotypisierungs-gemeinschaft. Es ist notwendig, die Struktur dieser Daten zu verstehen und zu erkennen, welche Teile von den Mitarbeitern/innen verwendet werden, um die Rohdaten von den zu verarbeitenden Daten zu unterscheiden. Die Rohdaten müssen darüber hinaus ausreichend gesichert werden, um eine zukünftige Analyse mit innovativen Methoden zu ermöglichen; die zu verarbeitenden Daten müssen strukturiert und in passenden Datenmodellen dargestellt werden. Der Austausch von Daten und deren Integration ist notwendig, um Meta-Analysen und die Zusammenarbeit zwischen verschiedenen Forschungsgruppen und Disziplinen zu ermöglichen. Der/die Stelleninhaber/in muss daher über fundierte Kenntnisse der Webentwicklungstechnologie und vor allem der Datenspeicher-Frameworks verfügen. Teamführungs-, Kommunikations- und Projektmanagementfähigkeiten sind erforderlich, um die effiziente Entwicklung der Softwaretools zu steuern, die automatisch einen standardisierten API- und GUI-Zugriff auf eine Reihe von Datenmodellen generieren.

Ihr Profil:

  • Abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium der Informatik oder Naturwissenschaft mit einschlägiger und nachgewiesener Erfahrung im Aufgabenbereich, bevorzugt auch mit abgeschlossener Promotion
  • Gute Kenntnisse und Erfahrungen zu wissenschaftlichen Fragestellungen im Bereich „Big Data“
  • Erfahrung in der Teamleitung und im Projektmanagement, vorzugsweise im internationalen Kontext
  • Sehr gute Erfahrung im Design, der Entwicklung und Implementierung von anforderungsorientierten, komplexen Web-Anwendungen, Datenbankanwendungen und Speichertechnologien unter Anwendung gängiger Programmiersprachen und –tools auf verschiedenen Plattformen, möglichst im biologischen bzw. naturwissenschaftlichen Umfeld
  • Gute Kenntnisse und Erfahrung im „verteilten Rechnen“ bzw. der Parallelisierung von Anwendungen (Pachyderm-Framework)
  • Erfahrung und Kenntnisse in der Webentwicklung in NodeJS und mindestens einem Single Page Application Javascript Framework (VueJs, React, oder Angular)
  • Erfahrung mit einer weiteren Programmiersprache (R, Scala, Python, C/C++, Fortran)
  • Erfahrung mit Linux-Administration, Shell und insbesondere Docker
  • Kenntnisse mit dem Open API / Swagger Stack
  • Erfahrung mit Scrum/agile und testgetriebene Entwicklung
  • Kenntnisse und Erfahrungen mit verschiedenen Datenspeichertechnologien: relationale Datenbanken (Postgres), dokumentenbasierte, no SQL Datenbanken (MongoDB, Cassandra), in Memory Key-Value-Stores (REDIS, HBase), große Datenspeicher und verwandte Technologien (Apache Hadoop, Hive, Presto, HDF5)
  • Kenntnisse und wünschenswerte Erfahrungen mit verteiltem Rechnen (Map-Reduce, Apache Spark, vor allem: Pachyderm)
  • Erfahrung in Vim oder Emacs wünschenswert
  • Kenntnisse in Statistik
  • Ausgeprägte Fähigkeit zur kooperativen Zusammenarbeit und Kommunikationsstärke
  • Gute Englischkenntnisse

Unser Angebot:

  • Interdisziplinäres Arbeitsumfeld sowie hervorragende Einrichtungen für die Bioinformatik in der Pflanzenphänotypisierungsforschung
  • Möglichkeiten, Teil der nationalen und internationalen Wissenschaftsgemeinschaft zu werden
  • Spannendes Arbeitsumfeld auf einem attraktiven Forschungscampus mit sehr guter Infrastruktur, mitten im Städtedreieck Köln-Düsseldorf-Aachen gelegen
  • Umfangreiches Weiterbildungsprogramm
  • Attraktive Gleitzeitgestaltung und vielfältige Angebote zur Vereinbarkeit von Beruf und Familie
  • Eine zunächst auf 3 Jahre befristete Stelle mit der Möglichkeit einer längerfristigen Perspektive
  • Die Möglichkeit zur 'vollzeitnahen' Teilzeitbeschäftigung
  • Vergütung und Sozialleistungen nach dem Tarifvertrag des öffentlichen Dienstes (TVöD-Bund)


Für weitere Informationen besuchen Sie unsere Website
http://www.fz-juelich.de/ibg/ibg-2/EN/Home/home_node.html

Das Forschungszentrum Jülich möchte mehr Mitarbeiterinnen in diesem Bereich beschäftigen. Wir sind daher an der Bewerbung von Frauen besonders interessiert.

Bewerbungen schwerbehinderter Menschen sind uns willkommen.

Zusatzinformationen

Wir freuen uns auf Ihre Bewerbung über unser Online-Bewerbungsportal online.

Fragen zur Ausschreibung?
Kontaktieren Sie uns gerne unter Angabe der Kennziffer 2018-315: karriere@fz-juelich.de
Bitte beachten Sie, dass aus technischen Gründen keine Bewerbungen per E-Mail angenommen werden können.