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Institut für Neurowissenschaften und Medizin
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Big Data Analytics

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Die Arbeitsgruppe “Big Data Analytics” löst strategische Probleme bei der Verarbeitung und Analyse großmaßstäblicher neurowissenschaftlicher Daten zum Aufbau eines mehrskaligen und multimodalen digitalen Atlasses des menschlichen Gehirns.

Bildverarbeitung und Maschinelles Lernen für hochaufgelöste Bilddaten. Wir entwickeln skalierbare Algorithmen zur Verarbeitung, 3D-Rekonstruktion und Analyse von Mikroskopaufnahmen des menschlichen Gehirns. Eine wichtige Rolle hierbei spielt der Einsatz von Deep Learning und unüberwachten Clusteringverfahren zur Musteranalyse im Hirngewebe. Dabei nutzen wir überwiegend High Performance Computing (HPC), und arbeiten eng mit dem Jülich Supercomputing Center (JSC) zusammen.


cnn2-stream Convolutional Neural Network Architektur zur Erkennung kortikaler Hirnareale (Spitzer/Amunts/Harmeling/Dickscheid; ISBI 2017).

Big Data Würfel

Datenmanagement für High-Throughput Imaging. Wir konzipieren und implementieren strukturierte Workflows für das Datenmanagement in der High Throughput Mikroskopie, mit Durchsatzraten von mehreren Terabytes pro Tag, und unterstützen Neurowissenschaftler im Institut INM-1 beim Aufbau von Datenanalyse-Pipelines für große in-vivo Kohortenstudien.

Frontendentwicklung für digitale Hirnatlanten. Wir entwickeln Webservices zur visuellen und semantischen Exploration multimodaler 2D und 3D Hirndaten, sowie zur interaktiven Analyse und Bearbeitung großer Bilddaten über webbasierte Schnittstellen, die auch als zentrale Komponenten in der Neuroinformatik Plattform des Human Brain Project (HBP) zum Einsatz kommen.

Web FrontendsWeb Frontends zur Exploration von Hirnatlanten (links), sowie zur räumlichen Ausrichtung multimodaler Hirnvolumen (rechts).

Standardisierung neurowissenschaftlicher Metadaten. Gemeinsam mit zahlreichen wissenschaftlichen Partnern innerhalb und außerhalb Europas erarbeiten wir Metadatenstandards und Ontologien für neurowissenschaftliche Daten. Diese Standards dienen als Basis für den Aufbau eines digitalen Hirnatlas für das Human Brain Project (HBP).

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Kooperationen

Zusatzinformationen

Leiter der Arbeitsgruppe

Dr.-Ing. Timo Dickscheid
Diplom-Informatiker

Gebäude: 15.9, Raum: 3033

Institut für Neurowissenschaften und Medizin (INM-1)
Forschungszentrum Jülich
52425 Jülich

Tel.:  +49 (0)2461 61 1763
Fax: +49 (0)2461 61 3483
t.dickscheid@fz-juelich.de

Management

Stefanie Hennen

Gebäude: 15.9, Raum: 3021

+49 2461 61-2481
 +49 2461 61-3483
s.hennen@fz-juelich.de

Janine Hucko

Gebäude: 15.9, Raum: 3020

+49 2461 61-6443
+49 2461 61-3483
j.hucko@fz-juelich.de

Adresse

Institut für Neurowissenschaften und Medizin (INM-1)
Forschungszentrum Jülich
52425 Jülich

Gebäude: 15.9


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