Das Deutsche Netzwerk für Bioinformatik-Infrastruktur (de.NBI) ist eine nationale, verteilte akademische Infrastruktur, die zur Unterstützung der Lebenswissenschaften und der biomedizinischen Forschung in Deutschland und Europa eingerichtet wurde. Es bietet eine umfassende Palette von Bioinformatik-Dienstleistungen an, darunter modernste Software-Tools, skalierbare Cloud-Computing-Ressourcen (de.NBI Cloud), maßgeschneiderte Schulungsprogramme und Verbindungen zur Industrie. Das Netzwerk umfasst acht miteinander verbundene Servicezentren, die von 24 Partnerinstitutionen und etwa 150 Bioinformatikern unterstützt werden. Diese Kooperationsstruktur stellt sicher, dass Forscher Zugang zu modernsten Ressourcen und Fachwissen haben.
Seit 2016 dient de.NBI auch als Grundlage für ELIXIR Germany, den deutschen Knotenpunkt der europäischen Infrastruktur für Biowissenschaften ELIXIR. Durch diese Integration werden die beiden Organisationen effektiv in einem einheitlichen operativen Rahmen zusammengeführt. ELIXIR Europe, das Biowissenschaftsressourcen aus 22 Ländern sowie dem EMBL miteinander verbindet und Bioinformatik-Fachwissen und -Tools nutzt, um datengesteuerte Entdeckungen in verschiedenen Disziplinen zu erleichtern. Es koordiniert diese Ressourcen in einer einzigen Infrastruktur und vereinfacht so den Prozess für Wissenschaftler, Daten zu finden und auszutauschen, Fachwissen auszutauschen und bewährte Verfahren zu etablieren.
de.NBI und ELIXIR Germany werden vom IBG-5 (Institut für Bio- und Geowissenschaften – Computergestützte Metagenomik) am Forschungszentrum Jülich koordiniert, das auf die Entwicklung innovativer bioinformatischer Tools und Pipelines für die mikrobielle Mikrobiomanalyse spezialisiert ist.
Mit Unterstützung des BMBF fördert das Netzwerk die wissenschaftliche Zusammenarbeit und Innovation auf nationaler und europäischer Ebene und befasst sich mit Herausforderungen in der Bioinformatik, der computergestützten Biologie und der Medizin.
Services
de.NBI und ELIXIR Deutschland bieten eine breite Palette von Bioinformatik-Dienstleistungen zur Unterstützung der Forschung im Bereich der Lebenswissenschaften an, darunter Tools, Pipelines, Datenbanken und Beratung. Ihr Fachwissen erstreckt sich auf Cloud-Ressourcen und Bioinformatik für Genomik, Metagenomik, Proteomik, Metabolomik, Transkriptomik, Lipidomik bei Menschen, Mikroben und Pflanzen, RNA-Bioinformatik, Systembiologie und integrative Bioinformatik sowie Forschungsdatenmanagement. Diese Dienste verbessern die datengesteuerte Forschung und fördern den wissenschaftlichen Fortschritt sowohl in der Wissenschaft als auch in der Industrie.
Training
Das Netzwerk bietet umfassende Schulungsprogramme an, die sich auf die angebotenen Dienstleistungen konzentrieren und darauf abzielen, das Fachwissen im Bereich Bioinformatik zu erweitern. Die Kurse sind speziell auf Themen wie Datenanalyse und Softwarenutzung ausgerichtet und werden von Computeranwendungen begleitet. Diese Workshops sind sowohl online als auch persönlich verfügbar und richten sich an alle Qualifikationsstufen. Sie fördern den Wissensaustausch und die Entwicklung von Fähigkeiten. Sie sind auf die Bedürfnisse von Forschern zugeschnitten und vermitteln der Life-Science-Community grundlegende Kompetenzen im Bereich Bioinformatik.
Cloud
Die de.NBI Cloud bietet leistungsstarke Cloud-Computing-Ressourcen, die auf die Daten- und Lebenswissenschaften in Deutschland zugeschnitten sind. Sie unterstützt Datenanalysen, umfangreiche Berechnungen und das Hosting von Tools und Ressourcen. Die Cloud bietet eine flexible, skalierbare Infrastruktur und ermöglicht es Forschern, komplexe Arbeitsabläufe effizient zu bewältigen. Durch den kostenlosen Zugang für akademische Zwecke fördert sie Innovationen und die Zusammenarbeit in der gesamten wissenschaftlichen Gemeinschaft.
Das de.NBI/ELIXIR Germany-Netzwerk, das durch nachhaltige Finanzierung des BMBF unterstützt wird, widmet sich dem Auf- und Ausbau von Bioinformatik-Expertise in Deutschland und darüber hinaus. Diese akademische Kooperationsinitiative umfasst acht Servicezentren, 24 Partnerinstitutionen und ein Team von etwa 150 Bioinformatikern. Sie stellt über 160 Bioinformatik-Tools für mehr als 20.000 Nutzer aus den Bereichen Biowissenschaften und biomedizinische Forschung bereit. Seit seiner Gründung im Jahr 2015 hat das Netzwerk über 380 Schulungen organisiert, in denen mehr als 10.500 Benutzer geschult wurden, wodurch die Entwicklung von Fähigkeiten verbessert und die Zusammenarbeit zwischen Wissenschaft und Industrie gefördert wurde.
Als nationaler ELIXIR-Knotenpunkt integriert de.NBI diese Ressourcen in einen gesamteuropäischen Rahmen, der 22 Länder miteinander verbindet. ELIXIR Europe nutzt ein Hub-and-Node-Modell, um Bioinformatik-Fachwissen aus ganz Europa zu zentralisieren und in Datenbanken, Software und Schulungsportfolios zusammenzufassen, die die Forschung im Bereich der Lebenswissenschaften erheblich voranbringen. Darüber hinaus stellt die de.NBI Cloud, die vom IBG-5 des Forschungszentrums Jülich koordiniert wird, über 40.000 CPU-Kerne und Speicher im Petabyte-Bereich bereit und erleichtert so die Durchführung umfangreicher wissenschaftlicher Arbeitsabläufe innerhalb dieser Forschungsgemeinschaft.
Testimonials
„Ich arbeite an Actinorhizal-Symbiosen. EDGAR war über die Jahre meine Anlaufstelle für die Analyse von Frankia Genomen. Insbesondere die Möglichkeit, eine Kerngenom-Phylogenie durchzuführen (anstatt den nächsten phylogenetischen Marker zu verwenden, der nicht für alle Untergruppen funktioniert), war von unschätzbarem Wert.“
Prof. Katharina Pawlowski Department of Ecology, Environment and Plant Science, Stockholm University, Schweden
„Unser Labor ist auf mikrobielle Genetik und Molekularbiologie spezialisiert und konzentriert sich auf genetische Systeme, die eine Anpassung von Bakterien an Umweltbedingungen ermöglichen. Mein Team und ich haben sehr von den Kursen profitiert, die von de.NBI angeboten wurden und unsere Forschung maßgeblich beeinflusst haben. Die Kurse wurden von hochspezialisierten Referenten und Tutoren geleitet, die nicht nur wertvolle Tools und Erfahrungen teilten, sondern auch eine freundliche und förderliche Lernumgebung schufen.“
Prof. Dr. Gonzalo Torres Tejerizo, Instituto de Biotecnología y Biología Molecular, Universidad Nacional de La Plata, Argentinien
„In meinem Bioinformatik-Projekt analysiere ich Einzelzelldaten, um die zelluläre Heterogenität in Geweben zu untersuchen. Die de.NBI Cloud war dabei von entscheidender Bedeutung, da sie eine zuverlässige Rechenumgebung für Aufgaben wie Vorverarbeitung, Qualitätskontrolle und nachgelagerte Analysen bietet. Ihre robusten Tools, die hohe Rechenleistung und die benutzerfreundliche Oberfläche optimieren die Arbeitsabläufe und ermöglichen eine effiziente und effektive Einzelzellforschung.“
Prof. Dr. Rolf Backofen, Arbeitsgruppe Bioinformatik, Technische Fakultät – Universität Freiburg, Deutschland
Kontakt
- Institut für Bio- und Geowissenschaften (IBG)
- Computergestützte Metagenomik (IBG-5)
Raum M3.111
Publikationen
Gesundhyte 15/23, "The de.NBI network: Continuation of activities as an established bioinformatics infrastructure", A. Pühler, A. Sczyrba, A. Tauch
Bioinformatics, 2021,., ELIXIR: providing a sustainable infrastructure for life science data at European scale, Harrow et al.
Briefings in Bioinformatics 04/17, "Bioinformatics in Germany: toward a national-level infrastructure", A. Tauch
Belmann P., Fischer B., Krüger J., Procházka M., Rasche H, Prinz M., Hanussek M., Lang M., Bartusch F., Gläßle B., Krüger J., Pühler A., Sczyrba A., de.NBI Cloud federation through ELIXIR AAI. F1000Res. 2019 Jun 10;8:842. doi: 10.12688/f1000research.19013.1. PMID: 31354949; PMCID: PMC6635982.
de.NBI Cloud Brochure (08/2022)