de.NBI
Das 'Deutsche Netzwerk für Bioinformatik-Infrastruktur - de.NBI' ist eine nationale, verteilte, akademische Infrastruktur, die Bioinformatik-Dienste für Nutzer in der lebenswissenschaftlichen Forschung und Biomedizin in Deutschland und Europa anbietet. Das de.NBI-Netzwerk besteht aus acht miteinander verbundenen Service-Zentren, aus Forschungs-, Service- und Infrastrukturgruppen von 24 Partnerinstitutionen und etwa 150 Bioinformatikern.
Die Abteilung „de.NBI-Geschäftsstelle“ im IBG-5
Die Geschäftsstelle koordiniert die Arbeiten des Netzwerks und entwickelt Strategien der Zusammenarbeit der Netzwerkpartner untereinander und für die Fortentwicklung der bioinformatischen Services des Netzwerks. Diese Services umfassen Softwaretools und Webservices, Datenbanken, Datenmanagement, Compute-Ressourcen und Consulting für Anwender in der lebenswissenschaftlichen Forschung unter Open Access.
Die fachlichen Themen des Netzwerks adressieren
- Cloud-Ressourcen,
- Bioinformatik für Genomik,
- Metagenomik, Proteomik,
- Metabolomik, Transkriptomik,
- Lipidomik bei Menschen, Mikroben und Pflanzen,
- RNA-Bioinformatik,
- Systembiologie and Modeling,
- einschlägige Datenbanken und integrative Bioinformatik sowie
- Forschungsdatenmanagement.
Im Rahmen des Netzwerks werden Guidelines für das Trainingscurriculum und die Serviceangebote weiterentwickelt.
Daneben wird ein Industrieforum als Schnittstelle für bioinformatische Expertise zwischen Akademia und Industriepartnern unterhalten. Ferner obliegen der Geschäftsstelle die Öffentlichkeitsarbeit für das Netzwerk und die Durchführung von Veranstaltungen und regelmäßigen Netzwerkmeetings samt des Berichtswesens. Alle de.NBI Partnerinstitute sind die Mitglieder von ELIXIR Germany und bieten ihre Services auch auf europäischer Ebene an.
Das Netzwerk wurde im Rahmen eines BMFTR-Verbundprojekts etabliert (2015-2021) und wird nun unterstützt durch das BMFTR vom Forschungszentrum Jülich fortgeführt und koordiniert.
Publikationen
- Broschüre de.NBI-Cloud, "Development and Operation of the federated de.NBI Cloud"
- Broschüre KI, "Future-oriented analysis of life science data using artificial intelligence"
- Briefings in Bioinformatics 05/21, "Implementing FAIR data management within the German Network for Bioinformatics Infrastructure (de.NBI) exemplified by selected use cases", G. Mayer et al.
- Briefings in Bioinformatics 10/17, "A generally applicable lightweight method for calculating a value structure for tools and services in bioinformatics infrastructure projects", G. Mayer, C. Quast, J. Felden, M. Lange, M. Prinz, A. Pühler, C. Lawerenz, U. Scholz, F. O. Glöckner, W. Müller, K. Marcus, M. Eisenacher
- Briefings in Bioinformatics 04/17, "Bioinformatics in Germany: toward a national-level infrastructure", A. Tauch
- Biologie in unserer Zeit - BiuZ, "Verstetigung des de.NBI-Netzwerks", A. Pühler
- Gesundhyte 15/23, "The de.NBI network: Continuation of activities as an established bioinformatics infrastructure", A. Pühler, A. Sczyrba, A. Tauch
- National Library of Medicine, "De.NBI Cloud federation through ELIXIR AAI", P. Belmann et al.
Kontakt
Dr. Tanja Dammann-Kalinowski
Admin. Koordinatorin
Geschäftsstelle Deutsches Netzwerk für Bioinformatik-Infrastruktur-de.NBI
t.dammann-kalinowski@fz-juelich.de
contact@denbi.de
Forschungszentrum Jülich
Institut für Bio- und Geowissenschaften (IBG)
IBG-5 Computergestützte Metagenomik
Außenstelle Bielefeld
c/o Universität Bielefeld, Technische Fakultät
Postfach 100131
D-33501 Bielefeld
Wissenschaftliche Sprecher von de.NBI:
Prof. Dr. Oliver Kohlbacher, Universität Tübingen (oliver.kohlbacher@uni-tuebingen.de)
Prof. Dr. Alexander Sczyrba, Forschungszentrum Jülich (a.sczyrba@fz-juelich.de)