Methodenentwicklung

Softwareentwicklung

Wissenschaftler der ER-C entwickeln Software für Elektronenmikroskopie und Spektroskopie.

Verfügbare Software beinhaltet:

• CMP (Paket zum chemischen Mapping)
  More@www.er-c.org
• DCISim (DCISim (Beugungskontrastbildsimulationpaket für Mathematica)
  More@www.er-c.org
• Dr. Probe light (STEM Proben- and Ronchigramsimulationsoftware)
  More@www.er-c.org
• Dr. Probe (HR(S)TEM Bildsimulationspaket)
  More@www.er-c.org
• Gempa (allgemeine Elektronenmikrographieverarbeitungs- & Analyse-Software)
  More@www.er-c.org
• Holographiepaket für HyperSpy (Rekonstruktion und Verarbeitung von off-axis Elektronenhologrammen)
  More
• ImageConverter (Multi-Plattform-Bild-Konvertierung Werkzeug)
  More@www.er-c.org
• iMtools (Allzweck-Multi-Plattform-Bildbearbeitung Werkzeuge)
  More@www.er-c.org
• P_SpaceChargeLight (Tunnelstrom Simulation Softwarepaket)
  More
• PantaRhei (TEM optical stability benchmark)
• Tomato (Multi-Plattform-Tomographie-Suite)
  More@www.er-c.org
• Spring (Softwarepaket zur hochauflösenden Strukturbestimmung vom helikalen EM Proben) More
• LocScale (Dichtemodifikation und -Schärfung für kryo-EM Karten) More
• FDRthresholding (Dichteinterpretation von kryo-EM Karten mittels Signal/Rausch Abschätzung über „false discovery rate“) More
• FDR-FSC (Online-Werkzeug zur robusten Bestimmung von Auflösung in kryo-EM Karten) More
• SPOC (Statistische Prozessierung von kryo-EM Karten) More
  
  

Kryo-EM-Software:

• FDR-FSC (Statistische FSC Auflösungsbestimmung von Kryo-EM Karten) https://erc-3-cloud.fz-juelich.de/FSC_Server/             ( https://doi.org/10.1016/j.jsb.2020.107579)

• FDRthresholding (Statistische Schwellenwertbestimmung von Kryo-EM Karten mittels „false discovery rate“ Kontrolle) https://git.embl.de/mbeckers/FDRthresholding             ( https://doi.org/10.1107/S2052252518014434)

• LocScale (Lokale Dichteskalierung/-schärfung für Kryo-EM Karten) https://git.embl.de/jakobi/LocScale (https://doi.org/10.7554/eLife.27131)

• SPOC (Statistische Post-Prozessierung von Kryo-EM Karten) https://github.com/MaximilianBeckers/SPOC (http://dx.doi.org/10.1016/j.jsb.2020.107579)

• Spring (Softwarepacket für Einzelpartikel-basierte helikale Rekonstruktion) https://spring.fz-juelich.de (https://doi.org/10.1016/j.jsb.2013.11.003)

Entwicklung von Hardware-Komponenten

Neue Instrumente, die im Handel nicht verfügbar sind, entwickeln wir in Zusammenarbeit mit akademischen und industriellen Partnern. Unser technisches Personal berät und unterstützt Wissenschaftler bei der Entwicklung innovativer Lösungen auf der Basis von Machbarkeitsstudien.

Ein breites Spektrum neuer Instrumente wird vor Ort entwickelt und gebaut, darunter:

• TEM-Probenhalter
• TEM-Blendenhalter mit elektrischen Kontakten
• FIB-Kipphalter für Nadeln und Chips
• SEM-Probenhalter mit elektrischer Kontaktierung
• Eine Nachbildung eines FEI-TEM-Octagons für die Erprobung neuer, selbstgebauter Proben- und Blendenhalter
• Montage- und Lagersysteme für TEM-Proben- und Blendenhalter
• Eine Pumpstation für TEM-Probenhalter