Bericht vom BrAPI-Hackathon
Im April 2024 fand in der Leocorea in Lutherstadt Wittenberg die jüngste Ausgabe des BrAPI-Hackathons statt, einer Kooperationsveranstaltung zur Förderung von Datenstandards für die pflanzenwissenschaftliche Forschung. Das vom Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung (IPK) Gatersleben und dem IBG-4 am Forschungszentrum Jülich GmbH mitorganisierte Treffen zog 35 Teilnehmer aus 10 Ländern aus Asien, Afrika, Amerika und Europa an, die im Laufe der Woche an 15 Projekten arbeiteten.
Die von IPK Gatersleben, FZJ, KWS, de.NBI and ELIXIR Germany gesponsorte Veranstaltung bot Forschern und Entwicklern ein dynamisches Forum für konzentrierte Projektarbeit und lebhafte Diskussionen. Während des Hackathons diskutierten die Teilnehmer eine Reihe von wichtigen Themen. Dazu gehörte eine Einführung in BrAPI, die Neueinsteigern wesentliche Einblicke in die Anwendung von BrAPI in der Pflanzenwissenschaft vermittelte. Die Teilnehmer überprüften und verfeinerten auch das BrAPI-Domänenmodell, um seine Robustheit und Verwendbarkeit in verschiedenen Forschungskontexten sicherzustellen. Untersuchungen zur Integration von BrAPI in Genbank-Repositorien zeigten Möglichkeiten zur Verbesserung der Datenverwaltung und -zugänglichkeit innerhalb dieser wichtigen Ressourcen auf. Diskussionen über Sicherheitsprotokolle und Authentifizierungsmechanismen behandelten wichtige Überlegungen zur Sicherung der BrAPI-Datenintegrität. Es gab auch eine Präsentation über das Annotated Research Context Data Model als eine Variante zur Darstellung von Daten als Dateisystem. Einblicke von INRAE beleuchteten Anwendungen von BrAPI für die Phänotypisierung im Hochdurchsatz und zeigten die Vielseitigkeit der Plattform für modernste Forschungsmethoden. Ein weiterer Schwerpunkt war die Planung für die Veröffentlichung des Manuskripts der BrAPI-Version 2.
Der Hackathon erleichterte kollaborative Sitzungen zur Weiterentwicklung der für BrAPI Version 2.2 geplanten Funktionen. Schließlich konzentrierten sich die Diskussionen auf die Definition und Verwendung standardisierter Datensätze für analytische Zwecke, die die Grundlage für verbesserte datengestützte Erkenntnisse in der Pflanzenwissenschaft bilden.
Es wird erwartet, dass die Ergebnisse des BrAPI-Hackathons die künftige Entwicklung von BrAPI prägen werden, und mehrere Projektteams haben sich verpflichtet, ihre Arbeit nach der Veranstaltung fortzusetzen. Die fortgesetzte Zusammenarbeit und das Engagement innerhalb der wachsenden BrAPI-Gemeinschaft versprechen weitere Innovationen bei pflanzenwissenschaftlichen Datenstandards.
Mehr Informationen über BrAPI und weitere Veranstalungen finden sie auf der offiziellen BrAPI website .
Bericht von Sebastian Beier1, Gouripriya Davuluri2, Manuel Feser2, Patrick König2, Stephan Weise2 1 Institute of Bio- and Geosciences (IBG-4: Bioinformatics), Bioeconomy Science Center (BioSC), CEPLAS, Forschungszentrum Jülich GmbH, Jülich, Germany
2 Leibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research (IPK), Gatersleben, Germany
Seit 2014 zielt das Projekt Breeding API (BrAPI) darauf ab, die Interoperabilität zwischen Webressourcen für die Pflanzenzucht zu verbessern. Es stellt eine standardisierte RESTful Web Service API-Spezifikation für die Kommunikation von Pflanzendaten dar. Das Projekt wird von dem BrAPI-Koordinator Peter Selby an der Cornell University betreut. Im Laufe der Jahre wuchs die BrAPI-Gemeinschaft auf 200 Softwareentwickler und Agrarwissenschaftler aus 36 Ländern an.
REST: Representational State Transfer
API: Application Programming Interface