Leistungen Omics-/Datenbasierte Bioinformatik

Die Arbeitsgruppe von Prof. B. Usadel hat mehrere Algorithmen und Software programmiert und veröffentlicht, die die Bearbeitung und Analyse von Sequenzierungen und die Auswertung und Interpretation von Sequenz- und Expressionsdaten ermöglichen und unterstützen. Weiterhin entwickelt, bearbeitet und pflegt das IBG-4 öffentliche Datenbanken.

Trimmomatic | Trimm and Preprocess NGS Data

Trimmomatic ist ein effizientes und flexibles Befehlszeilenprogramm, das eine Vielzahl von Korrekturen oder “trimming“-Aufgaben für Illumina paired-end und single-end Daten durchführt und nachgelagerte Verarbeitungsschritte erheblich verbessert.

Mercator | Classify and Annotate Plant Genomes

Die Mercator-Pipeline weist Protein- oder Nukleotidsequenzen aus Sequenzierungen automatisch Genfunktionen zu. Dabei nutzt Mercator die „BIN“-Ontologie von MapMan.

MapMan | Visualize Plant Omics data

MapMan visualisiert Daten aus Genexpressionsanalysen, hier werden Gene oder Proteine mit gemeinsamer Funktion in z.B. einen Biosyntheseweg gemeinsam dargestellt.

PlaBiPD

PlaBiPD ist eine umfassende Plattform für Genome von Nutzpflanzen.

GXP The Gene Expression Plotter

GXP ist ein Tool für die Visualisierung und Analyse von RNA-Seq- und Metabolomics-Daten. Es läuft vollständig im Webbrowser des Benutzers.