TopEnzyme/TopEC

Wir verwenden 3D Graph Convolutional Neural Networks, um die Klassifizierung von Proteinfunktionen auf der Grundlage von lokalisierten 3D-Protein-Deskriptoren zu verbessern. Diese neue Methode führte zur Entwicklung von TopEC, einem neuen Enzymklassifizierungssystem, das eindeutige strukturelle und topologische Daten von Enzymen mit gegebenen EC-Nummern und repräsentativen 3D-Strukturen in AlphaFoldDB oder SWISS-MODEL verknüpft. TopEC basiert auf TopEnzyme, einer kuratierten, nicht redundanten Enzymstrukturdatenbank, die zum Trainieren dieser Methode aufgebaut wurde.

van der Weg, K., Gohlke, H. TopEnzyme: Bioinformatics (2023)

van der Weg, K., Merdivan, E., Piraud, M. et al. TopEC: Nat Commun (2025)

Kontakt: Prof. Holger Gohlke / Karel Van der Weg

Gefördet durch die Helmholtz School for Data Science in Life, Earth and Energy