CECAM-Tutorial "Atomistic Monte Carlo Simulations of Bio-molecular Systems"

Vom 24. bis 28. September 2018 veranstaltet das JSC zum dritten Mal das von SimLab Biology organisierte CECAM-Tutorial "Atomistic Monte Carlo Simu-lations of Bio-molecular Systems". Die Teilnehmer erhalten eine vertiefte Einführung in die Theorie und Praxis der Markov-Kette Monte Carlo (MCMC) Methoden, wie sie bei der atomistischen Simulation von Proteinen und anderen Biomolekülen angewendet wird. Diese Ensemble-Methoden bieten eine rechnerisch effiziente Alternative zu molekulardynamischen Simulationen, insbesondere für die Untersuchung von Prozessen mit langen Zeitskalen wie Proteinfaltung und Peptidaggregation.

Im Gegensatz zu den zahlreichen Trainingskursen für Molekulardynamik kommen Studierenden selten mit Monte Carlo (MC)-Techniken in Kontakt. CECAM (Centre Européen de Calcul Atomique et Moléculaire) finanziert dieses fünftägige Tutorial zum dritten Mal, um diese Lücke zu schließen. Das im SimLab Biology entwickelte Open-Source-Proteinfaltungs- und Aggregationspaket ProFASi wird als Demonstrationswerkzeug für die hochübertragbaren MC-Techniken eingesetzt. Die Teilnehmer haben Zugang zu JURECA für realistische Tests von fortgeschrittenen parallelen Simulationstechniken wie Replikataustausch MC oder Wang-Landau. Ein besonderer Schwerpunkt des Kurses ist die Analyse und Interpretation von MCMC-Simulationen. Es stehen noch Plätze zur Verfügung. Detaillierte Informationen sind auf der Webseite des CECAM-Tutorials zu finden: http://www.cecam.org/workshop-1601.html.

Ansprechpartner: Dr. Sandipan Mohanty, s.mohanty@fz-juelich.de

aus JSC News No. 259, 8. August 2018