CECAM-Ferienschule “Atomistic Monte Carlo Simulations of Bio-molecular Systems”

Vom 12. bis 16. September 2022 wird das JSC Gastgeber der CECAM-Schule "Atomistic Monte Carlo Simulations of Bio-molecular Systems" sein, die vom Simulations- und Datenlabor (SDL) Biology organisiert wird. Die Teilnehmer erhalten eine eingehende Einführung in die Theorie und Praxis der Markov-Chain-Monte-Carlo-Methoden (MCMC), die auf atomistische Simulationen von Proteinen und anderen Biomolekülen angewendet werden. Diese Ensemble-Methoden bieten eine rechnerisch effiziente Alternative zu Molekulardynamiksimulationen, insbesondere für die Untersuchung von Prozessen mit langen Zeitskalen wie Proteinfaltung und Peptidaggregation.

Im Gegensatz zu den zahlreichen Ausbildungskursen, die für die Molekulardynamik angeboten werden, erhalten Studenten nur selten nützliche Erfahrungen mit Monte-Carlo-Techniken (MC). Das CECAM (Centre Européen de Calcul Atomique et Moléculaire) finanziert dieses fünftägige Tutorial bereits zum vierten Mal, um genau dieses Problem anzugehen. Das am SDL Biology entwickelte Open-Source-Paket ProFASi zur Proteinfaltung und -aggregation wird als Demonstrationswerkzeug für die hochgradig übertragbaren MC-Techniken verwendet.

Die Teilnehmer werden Zugang zu den Supercomputern des JSC haben, um fortgeschrittene parallele Simulationstechniken wie Replika-Austausch-MC oder Wang-Landau realistisch zu testen. Ein besonderer Schwerpunkt des Kurses ist die Analyse und Interpretation von MCMC-Simulationen. Die Schule findet online statt und es sind noch Plätze für interessierte Forschende frei. Detaillierte Informationen über den Inhalt des Tutorials finden Sie auf der Webseite der CECAM-Schule.

Kontakt: Dr. Sandipan Mohanty, s.mohanty@fz-juelich.de

aus JSC News No. 290, 8. August 2022