Ontologyentwicklung und -pflege
Um die FAIR-ness von Metadaten sowie die schnelle und einfache Annotation von experimentellen Daten für die Pflanzenwissenschaften und sogar darüber hinaus zu verbessern, arbeitet unser Team zusammen mit Kooperationspartnern an der Entwicklung mehrerer Ontologien, die miteinander verbunden werden sollen. Unser Team ist an der Entwicklung der Ontologien beteiligt und ist für deren Kuratierung verantwortlich, was für Nachhaltigkeit sorgt. Die hier vorgestellten Projekte sind Teil der DataPLANT-RDM-Landschaft:
NFDI4Plants-Ontologien
Um den Anforderungen der wissenschaftlichen Gemeinschaft an die Datenannotation gerecht zu werden, entwickeln wir eine benutzergesteuerte Ontologie. Die Ontologie, die wir entwickeln, dient als Brücke zwischen den Bedürfnissen jedes Forschers und den wichtigsten Ontologieanbietern. Biologische und technische Begriffe, die für die Annotation von experimentellen Daten benötigt werden, können mit dem DataPLANT Tool SWATE erstellt und sofort verwendet werden, indem sie über Themenvorlagen oder Webformulare zur NFDI4Plant Ontologie hinzugefügt werden. Dieses Konzept ermöglicht es jedem, einen Beitrag zur Broker-Ontologie zu leisten, während ein paralleler Kuratierungsschritt durch Ontologie- und Domänenexperten zu einer standardisierten Verwendung der erforderlichen Begriffe für die (Meta-)Datenannotation beiträgt.
Link zum Projekt
Kontakt: Kathryn Dumschott, Angela Kranz
ARC Ontologie
Das Hauptkonzept von DataPLANT basiert auf einer Verzeichnisstruktur für standardisiertes und FAIRes Datenmanagement. Diese Verzeichnisstruktur wird als Annotated Research Context (ARC). Die ARC-Ontologie ist eine High-Level-Ontologie, die die Struktur eines ARC selbst durch die Kombination der ISA-Modellontologie und der CWL Ontologie. Sie stellt die von den ARCs verwendete ISA-Untergruppe dar und bietet praktische Erweiterungen zur Erleichterung der Erstellung von ISA-Untersuchungs- und Prüfdateien, die das Niveau der Spezifikation der verwendeten Messverfahren, Materialien oder Protokolle erhöhen.