Hochdurchsatz Mikroskopie

Wir entwickeln verteilte Datenmanagement Prozesse für den Umgang mit großen Bilddatenmengen aus der Hochdurchsatz-Mikroskopie.

Moderne Whole-Slide Scanner sind in der Lage, mit hohem Durchsatz ganze Gewebeschnitte aus menschlichen Gehirnen auf mikroskopischer Auflösung zu digitalisieren. Unser Institut erzeugt täglich mehrere Terabyte an Bilddaten mit verschiedenen Arten von Mikroskopen. Um mit diesem großen, kontinuierlichen Datenfluss umgehen zu können, entwickeln wir verteilte Datenmanagement-Workflows, die Bilder zuverlässig vom Labor zu den Speichersystemen im Jülich Supercomputing Centre (JSC) übertragen, automatisierte Qualitätskontrollen und Bildanalyse auf den parallelen Rechensystemen ausführen, und eine einfache Fernüberwachung und -visualisierung der Verarbeitungsschritte für Wissenschaftler im Institut ermöglichen. Wichtige Aspekte dieser Arbeit sind Provenance Tracking, Standardisierung von Metadaten und Datenkuration, Datenindizierung und die Remote-Visualisierung. Wir streben die Bereitstellung eines öffentlich zugänglichen Datenrepositories an und unterstützen die Community bei der Entwicklung internationaler Standards. Wir arbeiten eng mit den Entwicklern von datalad und UNICORE zusammen, und sind maßgeblich beteiligt an der Entwicklung des openMINDS Metadatenstandards für neurowissenschaftliche Daten im Rahmen des Human Brain Project (HBP).