Daten, Tools & Ressourcen

Daten, Tools & Ressourcen

Das INM-1 folgt den Grundsätzen von Open Science und den FAIR-Prinzipien. Wir stellen Forschungsdaten, Software und digitale Werkzeuge transparent, nachvollziehbar und möglichst frei zugänglich bereit, damit sie von der wissenschaftlichen Gemeinschaft genutzt, überprüft und weiterentwickelt werden können.

Das INM-1 engagiert sich in der NFDI, der nationalen Forschungsdateninfrastruktur, für nachhaltige Standards im Umgang mit Forschungsdaten. Bei der Entwicklung wissenschaftlicher Software folgen wir den etablierten RSE Best Practices für Qualität, Dokumentation, Wiederverwendbarkeit und langfristige Pflege. So entstehen Ressourcen, die Forschung am menschlichen Gehirn zugänglich machen und den Austausch über Disziplinen und Institutionen hinweg fördern.

Julich Brain Atlas

Julich Brain ist der erste dreidimensionale Atlas des menschlichen Gehirns, der die Variabilität der Gehirnstruktur mit mikroskopischer Auflösung abbildet.

BigBrain

BigBrain ist das aktuell am höchsten aufgelöste, frei verfügbare dreidimensionale rekonstruierte Modell eines menschlichen Gehirns.

MEBRAINS

Der MEBRAINS Multilevel Macaque Brain Atlas verbindet verschiedene Ebenen der Gehirnorganisation des Makaken — von Struktur und Funktion bis zur Konnektivität. Dafür integriert er komplementäre Datensätze über unterschiedliche räumliche und zeitliche Skalen hinweg.

Zellverteilungen nach kortikalen Schichten im BigBrain

Der Datensatz zeigt, wie Zellkörper über die Schichten der Großhirnrinde verteilt sind. Grundlage sind mikroskopische Gewebescans des BigBrain, in denen Zellen mithilfe eines am INM-1 entwickelten KI-Modells automatisch erkannt und statistisch ausgewertet wurden.

1000Gehirne

Eine umfangreiche Studie zu Struktur und Funktion des Gehirns mit nahezu 1000 Probanden, um das Zusammenspiel verschiedener Gehirnregionen und deren mögliche Veränderungen im normalen Alterungsprozess zu verstehen.

EBRAINS Knowledge Graph

Über den EBRAINS Knowledge Graph sind etwa 200 Datensätze frei zugänglich, die vom INM-1 (co-)veröffentlicht wurden.

siibra Toolsuit

siibra ist eine frei zugängliche Software-Tool-Suite für digitale Hirnatlanten. Sie verknüpft multimodale Datensätze mit anatomischen Strukturen und ermöglicht deren interaktive Erkundung im 3-D-Webviewer sowie die programmatische Einbindung in Datenanalyse- und Simulationsabläufe.

tiamat

tiamat ist ein modulares Python-Toolkit für große wissenschaftliche Bilddatensätze. Es ermöglicht den Zugriff, die Umwandlung und Bereitstellung von Bilddaten in flexiblen Arbeitsabläufen – ohne Daten zu duplizieren oder Formate vorab zu konvertieren.

Cell Detection

Ein am INM-1 entwickeltes, preisgekröntes KI-Modell zur automatischen Erkennung von Zellen in Bilddaten. Es kann Zellen auch in komplexen Aufnahmen zuverlässig identifizieren und lässt sich auf Bilddaten aus unterschiedlichen wissenschaftlichen Domänen anwenden.

JuGEx

Software zur Analyse der Genexpression in zytoarchitektonischen Arealen.

Fiber Architecture Simulation Toolbox for 3D-PLI

Python-Toolbox zur Simulation der Faserarchitektur für die dreidimensionale polarisierte Lichtbildgebung. Sie ermöglicht die Modellierung und Analye von Nervenfaserbündeln.

Scattered Light Imaging ToolboX

Python-Toolbox zur automatisierten Auswertung von Scattered-Light-Imaging-Daten. Visualisierung von SLI-Bildstapeln als farbige Vektorkarten und Aufbereitung für weiterführende Analysen wie Traktografie.

Sphere-Histo

Ein grafisches Werkzeug zur Darstellung von Punktverteilungen im dreidimensionalen Raum. Farbcodierte Visualisierung von Punkten auf einer kugelförmigen Oberfläche, sodass Richtungsverteilungen auch in großen Datensätzen schnell erkennbar werden.