Tools

Ein wichtiger Aspekt der Arbeit des INM-7 ist die Entwicklung, Implementierung und Evaluation neuer Methoden und Werkzeuge wie Pipelines, Softwaretools und Analyseplattformen, die für die Auswertung großer Datenmengen unerlässlich sind. Forschung durch offene Wissenschaft zu ermöglichen und unsere Entwicklungen daher der wissenschaftlichen Gemeinschaft als freie Software-Tools zur Verfügung zu stellen, ist Teil unserer Mission.
Nachfolgend finden Sie die Details zu den von uns angebotenen Dienstleistungen.

Virtuelle Sprechstunden

Unterschiedliche Arbeitsgruppen bieten regelmäßige virtuelle Sprechstunden an, die zum Austausch einladen und auch Außenstehenden offen stehen.

JuBrain Anatomy Toolbox

Die JuBrain Anatomy Toolbox (alias SPM Anatomy Toolbox) ist ein SPM-Plugin mit probabilistischen zytoarchitektonischen Karten zur Kombination mit funktionellen Neuroimaging-Daten.

JuLearn

julearn ist eine benutzerorientierte Bibliothek für maschinelles Lernen. In der Arbeitsgruppe für angewandtes Maschinenlernen (AML), als Teil des Institut für Neurowissenschaften und Medizin - Gehirn und Verhalten (INM-7), dachten wir, dass die Verwendung von ML in der Forschung einfacher sein könnte.

JuSpace

JuSpace ist eine Toolbox, die eine modalübergreifende Korrelation von MRT-basierten Messungen mit Schätzungen aus der Nuklearbildgebung ermöglicht, die verschiedene Neurotransmittersysteme abdecken.

DCTS Webtool

Das DCTS-Webtool ist ein Online-Dimensions- und Clustering-Tool zur Bewertung der Schizophrenie-Symptomatologie auf der Grundlage der Positive and Negative Syndrome Scale (PANSS).

DataLad

DataLad ist ein kostenloses und quelloffenes verteiltes Datenverwaltungssystem, das Ihre Daten verfolgt, Strukturen schafft, Reproduzierbarkeit sicherstellt, Zusammenarbeit unterstützt und sich in eine weit verbreitete Dateninfrastruktur integriert.

NeuroDebian

NeuroDebian bietet eine große Auswahl bekannter Software für die Forschung in Neurowissenschaften auf verschiedene Linux-Derivate.

PyMVPA

PyMVPA ist ein Python -Paket mit dem Ziel statistische Lernanalysen großer Datensätze zu erleichtern.

StudyForrest

Im Mittelpunkt dieses Projekts steht die Verwendung des Films Forrest Gump, der einen komplexen sensorischen Input liefert, der sowohl reproduzierbar als auch reich an lebensechten Inhalten und Kontexten ist.

Connectivity-Based Parcellation (CBP)

Die regionale konnektivitätsbasierte Parzellierung (CBP) ist ein Verfahren zur regionalen Kartierung durch langreichweitige Konnektivitätsprofile (Eickhoff et al., 2015), das die Gehirnorganisation innerhalb einer Region-of-Interest (ROI) aufzeigt.

GingerALE

GingerALE ist die BrainMap-Anwendung, die verwendet wird, um eine ALE-Metaanalyse an Koordinaten im Talairach- oder MNI-Raum durchzuführen.

ANIMA

ANIMA ist das Archiv der Neuroimaging-Metaanalysen.

JTrack

Jtrack ist eine Softwareplattform zur Erhebung digitaler Phänotypisierungsdaten via Smartphones von Studienteilnehmern. Die Software wird von der Arbeitsgruppe ‘Biomarkerentwicklung’ entwickelt.

Junifer

junifer ist ein Bibliothek zur Daten- und Merkmalsextraktion, die von der Gruppe ‚Research and Infrastructural Software Engineering for Machine Learning (RISE-ML)‘ entwickelt wird.

ANIMA

ANIMA ist das Archiv der Neuroimaging-Metaanalysen.

Joblib HTCondor Backend

Die Joblib HTCondor-Bibliothek stellt ein HTCondor-Backend für joblib zur Verfügung, mit dem man auf einfache Art und Weise Jobs auf Rechenclustern in eine HTCondor Warteschlange stellen kann.

NiSpace

NiSpace ist eine Python-Toolbox zum Vergleich räumlicher Muster zwischen Gehirnkarten.

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Research Software Engineer

Dr. Adina Svenja Wagner

• Institut für Neurowissenschaften und Medizin (INM)
• Gehirn und Verhalten (INM-7)

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