Transcriptomics/ Genomics

Die Gruppe verfügt über Fachwissen in der Erstellung von Pflanzengenom- und Transkriptom-Profilen und hat ein Illumina MiSeq am IBG-2 sowie Zugang zu einem NextSeq 500, aber für genomische Daten wird hauptsächlich die Oxford-Nanopore-Sequenzierung verwendet.

Damit war die Gruppe auch die erste, die einen großen Einzelmolekül-Sequenzierungsdatensatz für eine höhere Pflanze (Solanum Pennellii) veröffentlichte. Dies ermöglicht lange und sehr lange Leselängen für Genomassemblierungen.

Yield time plot for Solanum pennelli genome sequencing runs on the Oxford nanopore single molecule sequencing platform

Kntakt

Prof. Björn Usadel

Letzte Änderung: 02.01.2023