Top-Platzierung im internationalen CASP-Wettbewerb

Jülich, 17. Dezember 2014 – Ein Team aus Jülich gehörte in diesem Jahr erneut zu den erfolgreichsten Teilnehmern des internationalen CASP-Wettbewerbes für computerbasierte Strukturbiologie. Mehr als 200 Forschergruppen maßen sich dieses Jahr darin, die dreidimensionalen Strukturen von Proteinmolekülen mithilfe von Computersimulationen vorherzusagen oder bestehende zu verbessern. In der Kategorie für Strukturoptimierung („Refinement“), bei der Modelle mit fehlerhafter Molekülstruktur zu korrigieren waren, belegten Jun.-Prof. Gunnar Schröder und sein Mitarbeiter Dennis Della Corte den zweiten Platz von über 50 Teilnehmern.

Schröder leitet am Institute of Complex Systems (ICS-6: Strukturbiochemie) eine Nachwuchsgruppe für computergestützte Strukturbiologie und ist zugleich Juniorprofessor an der Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf. Für die von ihm entwickelten Methoden zur Optimierung von Proteinmodellen, die bei vielen hochkarätigen Studienergebnissen der letzten Jahre zum Einsatz kamen, ist der Forscher international bekannt. Um die Wettbewerbsteilnahme zu ermöglichen, stellte das Jülich Supercomputing Centre (JSC) Schröder Rechenzeit auf dem Superrechner JUROPA zur Verfügung.

Proteinmoleküle bestehen aus langen Ketten von aneinandergereihten Aminosäuren, die sich zu extrem vielfältigen und komplexen dreidimensionalen Strukturen zusammenfalten. In diesem „funktionalen Zustand“ bilden sie die Grundlage zahlreicher lebenswichtiger Prozesse im Körper. Da viele Proteine mit experimentellen Methoden nicht oder nur mit großem Aufwand strukturell analysiert werden können, gewinnen computergestützte Verfahren immer mehr an Bedeutung. Um die Qualität ihrer Programme zu testen, erhalten Teilnehmer des CASP-Wettbewerbs (die Abkürzung steht für „Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction“) die Aminosäuresequenzen von kürzlich entschlüsselten, aber noch nicht öffentlich gemachten Proteinstrukturen und simulieren die Faltung im Computer. Je näher das so modellierte Protein der tatsächlich ermittelten Struktur kommt, desto höher die Platzierung.

Der Wettbewerb fand 2014 zum 11. Mal statt. Die Ergebnisse werden in einer Spezialausgabe des Fachjournals „Proteins“ veröffentlicht.

Anprechpartner:

Jun.-Prof. Dr. Gunnar Schröder
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Pressekontakt:

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