Doktorand:in - Entwicklung von Methoden und Workflows für robuste und reproduzierbare Massenspektrometrie-Analysen und Multi-Omics-Integration (w/m/d)

Ihre Aufgaben:

• Entwicklung automatisierter Workflows (Galaxy, CWL oder Nextflow) für die Qualitätskontrolle (mzQC) und Hochdurchsatzanalyse (Identifizierung, relative und absolute Quantifizierung) für die Lipidomik
  
• Implementierung der Herkunftsverfolgung innerhalb des Workflows, um eine reproduzierbare Datenanalyse zu ermöglichen, Export in das mzTab-M-Format
  
• Integration mit EMBL-EBI BioStudies und anderen relevanten Repositorien, wie z. B. MetaboLights (Metabolomik), zur vereinfachten Datenspeicherung und -übermittlung
  
• Mitarbeit an der Entwicklung von Tools für die Multi-Omics-Datenintegration (Genomik, Transkriptomik, Proteomik, Metabolomik, Lipidomik), statistische Auswertung und Visualisierung im Netzwerk „Lipidomics Informatics for Life Science” im Rahmen des Netzwerks de.NBI / ELIXIR-DE
  
• Teilnahme an Arbeitsgruppen der HUPO-PSI MS-Standardisierungsinitiative, der ELIXIR Metabolomics and Proteomics Community, der Lipidomics Standards Initiative und Teilnahme an entsprechenden Projekten

Ihr Profil:

• Master-Abschluss in Informatik, Bio-/Chemieinformatik oder Naturwissenschaften
  
• Ausgeprägte Programmierkenntnisse (Python, R, Java, …) und Interesse an der Arbeit in polyglotten Softwareumgebungen
  
• Praktische Erfahrung mit Methoden des maschinellen Lernens und der KI sowie Interesse daran, ML-Methoden zu erlernen, anzupassen und auf anspruchsvolle Probleme in der Massenspektrometrie anzuwenden
  
• Selbstständiges und kooperatives Arbeiten in einem internationalen, interdisziplinären Team über Institute hinweg
  
• Ausgezeichnete Kommunikations- und Organisationsfähigkeiten
  
• Ausgezeichnete Englischkenntnisse
  

Unser Angebot:

Wir arbeiten an hochaktuellen gesellschaftlich relevanten Themen und bieten Ihnen die Möglichkeit, den Wandel aktiv mitzugestalten! Wir unterstützen Sie in Ihrer Arbeit durch:

• Spannende, interdisziplinäre und abwechslungsreiche Arbeit in einem hochaktuellen Themenbereich.
  
• Teilnahme an Projektmeetings und Konferenzen.
  
• Möglichkeiten für befristete Forschungsaufenthalte im Ausland.
  
• Zugang zu modernsten HPC- und ML-Einrichtungen über die de.NBI Cloud und das Jülich Supercomputing Center.
  
• Die Möglichkeit zur Teilnahme an der Helmholtz Data Science Initiative und Helmholtz AI.
  
• Starke Unterstützung und Betreuung beim Aufbau einer zukünftigen Karriere in der Wissenschaft und/oder Industrie.
  
• Bei Erfüllung der Voraussetzungen wird eine Aufnahme in das strukturierte Promotionsprogramm im Rahmen der Graduiertenschule “Digital Infrastructure for the Life Sciences” an der Technischen Fakultät der Universität Bielefeld angestrebt.
  
• Optimale Bedingungen für eine gute Work-Life-Balance und eine familienbewusste Unternehmenspolitik.
  
• Die Möglichkeit, flexibel (in Bezug auf den Arbeitsort) zu arbeiten, z. B. im Homeoffice, besteht in der Regel nach Absprache und in Abhängigkeit von den anstehenden Aufgaben und (Vor-Ort-)Terminen.
  
• Akademische Leistungen und eine betriebliche Altersvorsorge.
  
• Gezielte Angebote für internationale Mitarbeiter, z. B. durch unseren International Advisory Service.
  

Neben spannenden Aufgaben und einem kollegialen Miteinander bieten wir Ihnen noch viel mehr: https://go.fzj.de/Benefits

Die Position ist auf 3 Jahre befristet mit der Möglichkeit einer längerfristigen Perspektive. Die Vergütung erfolgt analog der Entgeltgruppe 13 (100%) des Tarifvertrags des öffentlichen Dienstes (TVöD-Bund) zuzüglich 60 % eines Monatsgehaltes als Sonderzahlung („Weihnachtsgeld“). Die monatlichen Entgelte in Euro entnehmen Sie bitte der Seite des BMI: https://go.fzj.de/bmi.tvoed.entgelt Informationen zur Promotion im Forschungszentrum Jülich inklusive der Standorte finden Sie hier: https://go.fzj.de/Promotion

Dienstort: Bielefeld

Wir freuen uns über Bewerbungen von Menschen mit vielfältigen Hintergründen, z.B. hinsichtlich Alter, Geschlecht, Behinderung, sexueller Orientierung / Identität sowie sozialer, ethnischer und religiöser Herkunft. Ein chancengerechtes, diverses und inklusives Arbeitsumfeld, in dem alle ihre Potentiale verwirklichen können, ist uns wichtig.

Weitere Informationen zu Vielfalt und Chancengerechtigkeit: https://go.fzj.de/diversitaet